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Les églises d'Egypte furent abandonnées. Paul qui n'était qu'un adolescent préféra se cacher dans une cabane, dans les champs de ses parents, restant à l'écart de ces évènements mais son beau-fère le dénonça en pensant profiter de cette occasion pour se débarrasser de lui et prendre tout l'héritage. Mais sa soeur pu le prévenir à temps et il s'enfonça seul dans le désert. Au début, il ne s'éloigna pas beaucoup, car il espérait revenir quand la persécution aurait cessée pour réclamer son dû à son beau-frère.
Mais face à la faim, la soif, le froid, la fièvre et à son désir de vengeance qui le rongeait, il cria du fond de sa détresse et appela Jésus à son secours. Egaré dans cet immense désert et à bout de force, il se croyait perdu quand il arriva devant une colline où se trouvait une caverne dont l'entrée était caché par un palmier. A côté de cette tanière se trouvait aussi une source d'eau limpide. Il put enfin étancher sa soif et se rassasier des dattes qui murissaient sur le palmier. Il trouva dans cet endroit une paix profonde et passa toute la nuit en prière pour remercier Dieu de sa sollicitude. Plus le temps passait plus, il se sentait heureux dans cette solitude qui le rapprochait de Dieu. Quand ses habits furent usés, il se fit une tunique de feuilles de palmier. Trouvant dans ce lieu tout le nécessaire pour vivre, il ne désira rien de plus, et tourna toute son attention au salut de son âme et le rachat de ses fautes. Ainsi caché au regard des hommes, il passa 90 ans dans ce désert. C'est déjà l'époque où les Chrétiens connaissent une paix relative dans l'empire romain et le début des hérésies. Dieu voulu révéler à son église et au monde la vie cachée de ce saint égyptien pour qu'il sert d'exemple aux générations suivantes. C'est à Saint Antoine le Grand que fut confié cette tâche et jusqu'à ce jour cette tradition, l'ermite du désert, est toujours vivante parmi les moines coptes.